(1)妇科检查：
子宫：子宫体积增大、后位、活动受限，后壁可以触及结节。提示内在性子宫内膜异位症(子宫腺肌症)
盆底：骶韧带、子宫直肠窝、宫颈后壁常可触及硬性小结节，如绿豆或黄豆大小，多有明显触痛。易误为恶性肿瘤。
卵巢：囊肿常与周围粘连、固定，易误诊为附件炎块
(2)B超检查：B超是目前辅助诊断子宫内膜异位症的有效方法，主要用以观察卵巢巧克力囊肿，子宫腺肌症。
囊肿：囊性肿块或混合性肿块，边界清晰或不清。
囊内：可见颗粒状细小回声。有时因陈旧性血块浓缩机化而出现较密集的粗光点图象。
位置：肿块常位于子宫后侧，可见囊肿子宫粘连。
双侧：50%左右巧克力囊肿为双侧性。两侧囊肿因为粘连向中线靠拢，形成“对吻”。
(3)腹腔镜检查：
标准：腹腔镜检查是目前诊断子宫内膜异位症的金标准，通过腹腔镜可直接窥视盆腔，见到异位病灶即可明确诊断，且可进行临床分期，以决定治疗方案，并同步予以手术治疗。
优点：诊断治疗同步完成。
缺点：手术创伤。
(4)血液肿瘤相关指标检查：
CA125、CA199，升高提示内异症活动，也是恶变的高危因素，一般不超过200IU/L。